Cerkev Sv. Duha se nahaja na prastarih kulturnih tleh, kjer najdemo sled človeka od neolitika do moderne dobe. Njena lokacija je v času želene dobe predstavljala rob naselbine, v pozni antiki pa je bila prav na njenem mestu postavljena poznoantična cerkev, od katere sta odkrita apsida in mozaik. V srednjem veku se je na njeni lokaciji razvila močno utrjena stavba, ki je predstavljala jugovzhodni kot mesta in združena z obzidjem predstavljala pomemben del mestne obrambe. Prav iz nje se je v drugi polovici 15. st. razvila sedanja stavba cerkve Sv. Duha, ki je pisno prvič omenjena leta 1487. Do 20. st. je doživela več vzponov in padcev, močno jo je prizadel tudi čas 2. sv. vojne, med katero je bila močno poškodovana. Obnovljena in ponovno odprta je bila leta 2007, od tedaj predstavlja osrednji kulturni objekt v starem mestnem jedru Črnomlja. V njej vidimo: Poznoantični mozaik Oglejskega tipa (4-5. st.), apsido poznoantične cerkve (4-5. st.), nagrobnik pisarja Ivana Živkoviča (17. st.).